Detalle de: ALEPH: UN ALGORITMO PARA EXPLORAR PLEGAMIENTO Y FUNCION EN ESTRUCTURAS MACROMOLECULARES

PREDECIR EL PLEGAMIENTO DE UNA PROTEINA DESDE SU SECUENCIA SIGUE SIENDO UN GRIAL PERSEGUIDO POR LA BIOLOGIA. TRAS CINCO DECADAS DE CRISTALOGRAFIA DE PROTEINAS, SE HA LOGRADO LA CARACTERIZACION TRIDIMENSIONAL DE MAS DE 95.000 ESTRUCTURAS MACROMOLECULARES. LA ESTRUCTURA HA APORTADO SU VISION UNICA A MULTIPLES CUESTIONES BIOLOGICAS, MAS PESE AL CAUDAL DE INFORMACION RECABADO EN LA BASE DE DATOS PDB, NUESTRA COMPRENSION DE SU ESENCIA ES INSUFICIENTE: EN GENERAL DERIVAMOS UNA RELACION ENTRE ESTRUCTURA Y FUNCION LIMITADA A UNA PARTE DE LA ESTRUCTURA, IMPLICANDO LOS CENTROS ACTIVOS O LUGARES DE UNION ETC, Y EN CUANTO AL PROPIO PLEGAMIENTO, EL EXITO EN PREDICCION DE NOVO ES ESCASO E INCIERTO.EL PARADIGMA ESTA CAMBIANDO, INTEGRANDO INVESTIGACIONES DETALLADAS DE ASPECTOS ESPECIALIZADOS EN APREHENSION GLOBAL DE SISTEMAS COMPLEJOS. PRECISAMOS UNA HERRAMIENTA PARA ENTENDER EL PLEGAMIENTO EN TODA SU EXTENSION. EN ANALOGIA AL CUENTO DE BORGES, UN ALEPH, PUNTO QUE CONTIENE TODOS LOS PUNTOS DEL UNIVERSO VISIBLES A UN TIEMPO DESDE TODOS LOS ANGULOS, SIN DISTORSION, SUPERPOSICION NI CONFUSION.PARA LA SOLUCION CRISTALOGRAFICA AB INITIO, HEMOS DESARROLLADO EN NUESTRO PROGRAMA ARCIMBOLDO UN ALGORITMO EFICAZ QUE EXTRAE CONDICIONES DE ESTRUCTURA TERCIARIA A PARTIR DE TODOS LOS DATOS DE LA PDB. SE BASA EN LA EXPRESION GEOMETRICA DE LA CONFORMACION PEPTIDICA A TRAVES DE VECTORES CARACTERISTICOS, QUE APORTAN UN ANALISIS DETALLADO DE LA GEOMETRIA DE LA CADENA PRINCIPAL Y DE LAS RELACIONES ESPACIALES ENTRE ELEMENTOS ESTRUCTURALES.VECTORES CARACTERISTICOS Y SUPERCOMPUTACION SERAN LA BASE DE NUESTRO PARTICULAR ALEPH, PARA EXPLORAR PLEGAMIENTO LOCAL DE FRAGMENTOS DE PROTEINA A UN NIVEL DE DETALLE AJUSTABLE Y A PARTIR DE ELLOS RECONSTRUIR TODO EL PLEGAMIENTO PARA APREHENDER SIMULTANEAMENTE UNA VISION DETALLADA Y GLOBAL. QUEREMOS PROBAR NUESTRO NUEVO ALGORITMO PARA EXPLORAR, A TRAVES DE PLEGAMIENTOS LOCALES, LOS PROBLEMAS DEL PLEGAMIENTO, INTERACCIONES FUNCIONALES Y FORMACION DE CRISTALES.PLEGAMIENTO\ VECTORES CARACTERÍSTICOS\ SUPERCOMPUTACIÓN\ FUNCIÓN\ PDB\ ESTRUCTURAS MACROMOLECULARES