Detalle de: Nuevos métodos para los retos emergentes en el análisis de datos de secuenciación masiva

LA APARICION DE LA TECNICAS DE SECUENCIACION MASIVA O NGS Y DE LOS ENSAYOS BASADOS EN LA UTILIZACION DE LECTURAS CORTAS PARA MEDIR PROPIEDADES DE ACIDOS NUCLEICOS HA TENIDO UN PROFUNDO IMPACTO EN NUESTRO CONOCIMIENTO DE LA BIOLOGIA DE LOS GENOMAS Y HA FACILITADO EL DESARROLLO DE NUEVAS TECNICAS DE DIAGNOSTICO CON APLICACIONES EN BIOMEDICINA Y BIOTECNOLOGIA. CONFORME SE HAN IDO REDUCIENDO COSTES Y LAS TECNOLOGIAS DE NGS HAN IDO AVANZANDO, APARECEN NUEVAS POTENCIALES APLICACIONES QUE REQUIEREN DEL DESARROLLO DE HERRAMIENTAS COMPUTACIONALES DE ANALISIS QUE SEAN CAPACES DE TRADUCIR EL DATO DE SECUENCIA EN CONOCIMIENTO SOBRE EL GENOMA. EL OBJETIVO DE ESTE PROYECTO ES EL DE ANTICIPARSE A ESTAS NECESIDADES BIOINFORMATICAS DESARROLLANDO NUEVOS METODOS QUE ESTEN DISPONIBLES EN EL MOMENTO EN QUE ESTAS NUEVAS APLICACIONES SE GENERALICEN. EN CONCRETO, PROPONEMOS INCIDIR EN TRES ASPECTOS CANDENTES DE LAS TECNOLOGIAS GENOMICAS: LA APLICACION DE LECTURAS LARGAS AL ESTUDIO DEL TRANSCRIPTOMA, LOS ENSAYOS DE TRANSCRIPTOMICA DE CELULAS INDIVIDUALS (SINGLE CELL), Y LA INTEGRACION DE DATOS MULTIOMICOS. EN CONCRETO ESTE PROYECTO PLANTEA EL DESARROLLO DE LA METODOLOGIA COMPUTACIONAL PARA EL ESTUDIO DE LA FUNCIONALIDAD ASOCIADA A LA EXPRESION ALTERNATIVA DE ISOFORMAS A PARTIR DE DATOS DE SECUENCIACION CON LECTURAS LARGAS QUE PUEDE PROPORCIONAR SECUENCIAS DE TRANSCRITOS ENTERAS SIN NECESIDAD DE ENSAMBLAJE. ESTE TIPO DE DATOS SE COMBINARA CON METODOS AVANZADOS DE ANOTACION FUNCIONAL DE SECUENCIAS Y ANALISIS FUNCIONAL PARA CREAR UNA NUEVA TECNOLOGIA DE ANALISIS TRANSCRIPTOMICO-FUNCIONAL QUE OPERE AL NIVEL DE TRANSCRITOS Y NO YA DE GENES. POR OTRO LADO PROPONEMOS ESTUDIAR LA DINAMICA DE LA EXPRESION DE ISOFORMAS EN POBLACIONES HETEROGENEAS CELULARES MEDIANTE LA INTEGRACION DE DATOS DE SINGLE CELL RNA-SEQ Y DE LECTURAS LARGAS OBTENIDAS SOBRE EL MISMO SISTEMA EXPERIMENTAL. FINALMENTE PROPONEMOS EL DESARROLLO DE METODOS ESTADISTICOS DE INTEGRACION DE DATOS MULTIOMICOS, INCLUYENDO PROTEOMICA Y METABOLOMICA, QUE PUEDAN UTILIZAR DIFERENTES CAPAS DE INFORMACION MOLECULAR A FIN DE CREAR METODOS DE DIAGNOSTICO MAS EFICIENTES. EN ESTE PROYECTO TRABAJAREMOS CON DATOS GENERADOS EN EL PROPIO LABORATORIO CON EL FIN DE APOYAR EL DESARROLLO DE NUESTRAS NUEVAS METODOLOGIAS DE ANALISIS. EL PROYECTO PRETENDE PROPORCIONAR NUEVOS RECURSOS BIOINFORMATICOS QUE SE OFRECERAN DE MANERA ABIERTA A LA COMUNIDAD GENOMICA INTERNACIONAL, A LA VEZ DE PROMOVER SU TRANSFERENCIA HACIA IMPLEMENTACIONES DE SOFTWARE PROFESIONALES QUE REVALORICE EL DESARROLLO ACADEMICO.NGS\SINGLE-CELL RNASEQ\LECTURAS LARGAS\TRANSCRIPTÓMICA DE ISOFORMAS\BIOMARCADORES\BIOLOGÍA COMPUTACIONAL\MULTIÓMICA\INTEGRACIÓN DE DATOS\SECUENCIACIÓN MASIVA