Detalle de: Integrating clinical and waste-water sequencing for deciphering the next evolutionary steps of SARS-CoV-2 (EvolCovid)

JUSTIFICACIONEL FORTALECIMIENTO DE LA VIGILANCIA GENOMICA DEL SARS-COV-2 HA SIDO AVALADO POR LA ORGANIZACION MUNDIAL DE LA SALUD (OMS) PARA AUMENTAR LA CAPACIDAD DE DETECTAR NUEVAS AMENAZAS Y LOGRAR ACCIONES DE SALUD PUBLICA DE CALIDAD, OPORTUNAS Y ADECUADAS. EN ESPAÑA, LA VIGILANCIA GENOMICA DE CASOS CLINICOS SE CENTRA EN LA NOTIFICACION DE MUTACIONES CONOCIDAS Y VARIANTES PREOCUPANTES, Y RARA VEZ SE INTEGRA CON LA VIGILANCIA AMBIENTAL, LO QUE LIMITA LA CAPACIDAD DE DETECCION DE NUEVAS MUTACIONES Y VARIANTES CIRCULANTES. TRAS EXITOSAS CAMPAÑAS DE VACUNACION Y EL AUMENTO DE INFECTADOS POR SARS-COV-2 DURANTE EL VERANO DE 2022, ACTUALMENTE NOS ENCONTRAMOS EN UNA NUEVA FASE DE LA PANDEMIA DE SARS-COV-2 EN ESPAÑA. EN CONSECUENCIA, LA ULTIMA SEMANA DE OCTUBRE, LA VIGILANCIA NACIONAL DE VARIANTES DEL SARS-COV-2 CAMBIO A UN ESQUEMA SIMILAR A LA GRIPE, DONDE SOLO SE ANALIZA Y SECUENCIA UNA MUESTRA ALEATORIA DE TRES CASOS POR CENTRO DE ATENCION PRIMARIA PARA SARS-COV-2. LA NUEVA SITUACION EPIDEMIOLOGICA REQUIERE ESFUERZOS ADICIONALES PARA CARACTERIZAR LOS VIRUS QUE CIRCULAN Y EVALUAR LOS PROGRAMAS DE VIGILANCIA PARA ASEGURAR UN USO EFICIENTE DE LOS RECURSOS. ADEMAS, AUNQUE LA EVOLUCION DEL SARS-COV-2 CONDUJO A VARIANTES DEL SARS-COV-2 MENOS VIRULENTAS, EL DIFERENTE ESTADO INMUNOLOGICO DE LA POBLACION Y EL CAMBIO EN EL ESFUERZO DE VIGILANCIA PODRIAN AFECTAR LA DINAMICA EVOLUTIVA VIRAL.HIPOTESIS Y OBJETIVOSI. EL ESQUEMA DE VIGILANCIA DE CASOS RESPIRATORIOS PUEDE NO SER REPRESENTATIVO DE LAS VARIANTES CIRCULANTES. POR LO TANTO, PROPONEMOS COMPARAR LAS SECUENCIAS VIRALES COMPLETAS DE LA VIGILANCIA CLINICA Y LAS AGUAS RESIDUALES DE LAS AREAS COINCIDENTES PARA DESCUBRIR SI LOS CASOS RESPIRATORIOS LEVES SON UNA BUENA REPRESENTACION DE LAS VARIANTES CIRCULANTES Y, POR LO TANTO, EVALUAR EL NUEVO PROGRAMA DE VIGILANCIA.II. LA INCLUSION DE DATOS DE INFECCIONES PREVIAS DE INDIVIDUOS VACUNADOS Y NO VACUNADOS PODRIA MEJORAR LA EVALUACION DE LOS MARCADORES GENETICOS ASOCIADOS A RESPUESTA A LA PRESION INMUNE. ASI BUSCAREMOS MARCADORES GENOMICOS DE ASOCIADOS CON LA PRESION INMUNE EN LOS GENOMAS DEL SARS-COV-2III) LOS MUTANTES VIRULENTOS ESTARIAN SOBRERREPRESENTADOS EN LOS CASOS GRAVES DE COVID-19 Y, SI APARECIERAN MUTACIONES VIRULENTAS, SE PODRIAN IDENTIFICAR COMPARANDO LAS SECUENCIAS DE SARS-COV-2 DE CASOS GRAVES VERSUS ASINTOMATICOS O LEVES. POR TANTO, EXPLORAREMOS LA PRESENCIA DE MARCADORES GENETICOS DE VIRULENCIA EN LOS GENOMAS DEL SARS-COV-2.CONTRIBUCIONES ESPERADASESTE PROYECTO CONTRIBUIRA A UNA MEJOR COMPRENSION DE LOS PROCESOS QUE IMPULSAN LA EVOLUCION DEL SARS-COV-2. LA INCORPORACION DE LA INTEGRACION DE FUENTES CLINICAS Y AMBIENTALES DE SECUENCIAS VIRALES ABRE NUEVAS POSIBILIDADES PARA COMPRENDER Y, EN CONSECUENCIA, PREVENIR Y CONTROLAR LA APARICION Y PROPAGACION DEL SARS-COV-2. DESARROLLAREMOS HERRAMIENTAS Y PROCEDIMIENTOS PARA SER UTILIZADOS EN UN SISTEMA DE ALERTA TEMPRANA QUE PERMITA MONITOREAR LA APARICION DE MUTACIONES DEL SARS-COV-2. CON SUERTE, ESTE ENFOQUE PODRIA EXTENDERSE A OTROS PATOGENOS Y AYUDAR A MEJORAR LA VIGILANCIA DE PATOGENOS EN EL FUTURO.SARS-COV-2\AGUAS RESIDUALES.\INMUNIDAD\VIRULENCIA\VARIANTES\MUTACION\GENOMA\SECUENCIACION\EVOLUCION