Detalle de: Estudio de nuevas relaciones genoma-transcriptoma mediante técnicas de ultra-secuenciación

LOS METODOS RNA-SEQ ANALIZAN EL TRANSCRIPTOMA MEDIANTE TECNOLOGIAS DE ULTRASECUENCIACION. ESTAS METODOLOGIAS PROPORCIONAN INFORMACION CUANTITATIVA DEL MRNA DE UNA GRAN CALIDAD Y PRECISION, A LA VEZ QUE PROPORCIONAN INFORMACION SOBRE LA SECUENCIA DE LOS TRANSCRITOS.ESTA CARACTERISTICA ABRE NUEVAS POSIBILIDADES PARA ESTUDIAR RELACIONES ENTRE EL GENOMA Y EL TRANSCRIPTOMA QUE ERAN NO ERAN ABORDABLES CON EL USO DE LAS ANTERIORES METODOLOGIA DE MICROARRAYS. EN ESTE PROYECTO SE PRETENDE IDENTIFICAR POSIBLES NUEVOS MECANISMOS REGULADORES DEL TRANSCRIPTOMA ESTUDIANDO PATRONES DE CORRELACION ENTRE CARACTERISTICAS PARTICULARES DE LA SECUENCIA DE LOS TRANSCRITOS Y SU ABUNDANCIA. SE PLANTEAN TRES CUESTIONES CIENTIFICAS.I) EL ESTUDIO DE LA POSIBLE RELACION ENTRE VARIACIONES SIMPLES DE SECUENCIA Y LOS NIVELES DE EXPRESION DE LOS TRANSCRITOS. ESTE FENOMENO SE ESTUDIARA SOBRE UNA COLECCION DE CEPAS DE PSEUDOMONAS AERUGINOSA CARACTERIZADAS POR SUS DIFERENTES NIVELES DE PATOGENICIDAD. EN ESTE ESTUDIO LOS DATOS DE RNA-SEQ CORRESPONDEN A LA TECNOLOGIA SOLID DE APPLIED BIOSYSTENS.II) LA EXISTENCIA DE MOTIVOS DE RECONOCIMIENTO ESPECIFICO PRESENTES EN LA SECUENCIA EXPRESADA QUE AFECTEN LA ABUNDANCIA DEL TRANSCRITO. SE EVALUARAN FENOMENOS DE IDENTIFICACION DE DIANAS DE MIRNAS, UNION ANTISENTIDO POR OTROS MRNAS Y SPLICING ALTERNATIVO. EN ESTE CASO SE UTILIZARA UN MODELO ANIMAL DE RATON DEL QUE SE DISPONEN DATOS DE RNA-SEQ DE TRES TEJIDOS, CEREBRO, MUSCULO E HIGADO, GENERADOS MEDIANTE LA TECNOLOGIA SOLEXA.III) FINALMENTE SE ESTUDIARA LA POSIBILIDAD DE ABORDAR ESTOS ESTUDIOS EN ESPECIES POBREMENTE CARACTERIZADAS A NIVEL GENOMICO, DE LAS QUE SOLO SE DISPONEN DATOS DE EXPRESION. PARA ESTE ESTUDIO SE UTILIZARA UN SET DE DATOS COMBINADO DE ROCHE 454 Y ILLUMINA/SOLEXA DEL NEMATODO LITOMOSOIDES SIGMODONTIS.EN TODOS LOS ESTUDIOS SE REALIZARA UN ABORDAJE FUNCIONAL DE LOS RESULTADOS, INCORPORANDO ANOTACION FUNCIONAL SOBRE LOS TRANSCRITOS Y PROPORCIONANDO UNA INTERPRETACION EN FORMA DE PROCESOS CELULARES.ADEMAS DE LOS ESTUDIOS GENOMICOS ESTE PROYECTO GENERARA HERRAMIENTAS BIOINFORMATICAS QUE SE PONDRAN A DISPOSICION DE LA COMUNIDAD CIENTIFICA EN FORMA DE PAQUETES DE SOFTWARE DE FACIL MANEJO PARA EXPERIMENTALISTAS Y BIOLOGOS.GENOMA\MODELOS GENICOS\MIRNA\TRANSCRITOS ANTISENTIDO\ULTRASECUENCIACION\TRANSCRIPTOMA