Detalle de: Desarrollo de recursos computacionales para la caracterización y anotación funcional de ARN no codificante

LAS TECNOLOGIAS DE NEXT GENERATION SEQUENCING (NGS) Y EN PARTICULAR DE RNA-SEQ HAN PROPORCIONADO NUEVA INFORMACION SOBRE LA ORGANIZACION GENOMA. UNO DE LOS DESCUBRIMIENTOS MAS INTERESANTES DE LAS NGS ES QUE UNA GRAN PARTE DEL GENOMA SE EXPRESA PARA DAR LUGAR A TRANSCRITOS DE UNA APARENTE FALTA DE CAPACIDAD DE CODIFICACION. LA CARACTERIZACION FUNCIONAL DE ESTOS RNAS NO CODIFICANTES (NCRNAS) ES TODAVIA UNA CUESTION ABIERTA.ESTE PROYECTO TIENE COMO OBJETIVO LA CREACION DE RECURSOS DE BIOINFORMATICOS PARA LA ANOTACION FUNCIONAL DE RNAS LARGOS NO CODIFICANTES (LNCRNAS).VAMOS A UTILIZAR METODOLOGIAS DE COMPUTACION DE ALTO RENDIMIENTO DESARROLLADAS EN NUESTRO DEPARTAMENTO DIRIGIDAS AL ANALISIS DE DATOS DE NGS PARA LLEVAR A CABO UN ANALISIS COMPUTACIONAL A GRAN ESCALA SOBRE DATOS DE RNA-SEQ PRESENTES EN BASES DE DATOS PUBLICAS. NUESTRA ESTRATEGIA ES ANALIZAR LOS PATRONES DE CO-EXPRESION DE LNCRNAS CON GENES CODIFICANTES ANOTADOS, A LO LARGO DE UN AMPLIO NUMERO DE CONDICIONES EXPERIMENTALES, PARA ENCONTRAR PATRONES DE CORRELACION ENTRE GENES CODIFICANTES Y NO CODIFICANTES QUE PERMITA LA IDENTIFICACION DE CATEGORIAS FUNCIONALES QUE PUEDAN SER ASIGNADAS A LOS GENES LNCRNA HASTA AHORA NO CARACTERIZADOS.ADEMAS VAMOS A DESARROLLAR NUEVOS MODULOS PARA LA ANOTACION HIGH-THROUGHPUT DENTRO DE LA PLATAFORMA DE BIOINFORMATICA BLAST2GO, PROPORCIONANDO ASI UAN HERRAMIENTA COMPLETA PARA LA CARACTERIZACION DE TRANSCRIPTOMAS Y GENOMAS EN LA ERA DE LA NGS.POR ULTIMO, APLICAREMOS ESTAS HERRAMIENTAS PARA LA CARACTERIZACION FUNCIONAL DE UN CONJUNTO DE DATOS EXPERIMENTALES DISPONIBLES EN NUESTRO LABORATORIO DE CARA A COMPROBAR LA USABILIDAD DE LOS RECURSOS DESARROLLADOS.COMPUTACION DE ALTO RENDIMIENTO\ANOTACION FUNCTIONAL\BIOLOGIA COMPUTACIONAL\BIOINFORMATICA\NGS\ARN CODIFICANTE\RNA-SEQ